Flyktningene kommer fra Goma, som tidligere i uka ble rammet av en elv av glødende lava fra den 3.500 meter høye Nyiragongo-vulkanen rett nord for byen.
Mange har søkt tilflukt i evakueringssentre i Sake og Kirotshe, noen mil vest for Goma. Sentrene er nå overfylte, og det mangler både rent drikkevann og tilfredsstillende sanitærforhold.
Minst åtte tilfeller av kolera er oppdaget, seks av dem i Sake, opplyser lederen for lokale myndigheter i området, Mwami Bauma Wabulenda.
Han frykter at det skal bryte ut en koleraepidemi blant flyktningene og etterlyser mer hjelp utenfra.
[ Bakgrunn: 400.000 på flukt fra by som trues av lava i Kongo ]
Lavaelv
Nyiragongo-vulkanen fikk et kraftig utbrudd 2. mai og spydde ut store lavamasser som rant nedover siden, raserte flere landsbyer og rant inn i Goma, som ligger ved bredden av Kivusjøen. Minst 4.500 boliger ble ødelagt før lavaen stanset opp 300 meter fra flyplassen.
Minst 32 mennesker omkom, flere etter å ha pustet inn giftig gass fra lavaen. Området har siden opplevd hundrevis av jordskjelv, og geologer advarer mot fare for nye utbrudd.
Ekspertene frykter også at det skal stige giftig gass opp fra bunnen av Kivusjøen, og har evakuert fra flere bydeler i Goma.

Ber om hjelp
Flere tusen mennesker har funnet veien over grensa til Rwanda, der mange av dem sover under åpen himmel.
Rwandas president Paul Kagame har bedt verdenssamfunnet om øyeblikkelig bistand, og det samme gjør kongolesiske myndigheter.
Mange flyktninger bor nå i kirker, skoler og moskeer, mens andre har tatt inn hos slektninger.
FNs høykommissær for flyktninger og Rwandas regjering er også bekymret for koronasmitte som følge av masseflukten.
[ Fra en fredsprisvinner til en annen: Skap fred i Tigray ]
Alvorlig situasjon
Kongos president Felix Tshisekedi innrømmer at forholdene i området er alvorlige, men hevder at myndighetene har situasjonen under kontroll.
– Situasjonen er absolutt alvorlig, men under kontroll, sier han.
Tshisekedi advarer imidlertid Gomas innbyggere mot å flytte hjem igjen.
– En underjordisk strøm av lava kan når som helst komme til overflaten igjen hvor som helst i byen, sier han.
Lavaen er ikke lenger i krateret, men vulkanen er fortsatt aktiv. Vi må derfor være forsiktige, og det er derfor vi ikke forhaster oss med å bringe innbyggerne tilbake, fortsetter han.