Haniyeh hadde i mange år bodd i Qatars hovedstad Doha sammen med andre politiske Hamas-ledere. Han var på besøk i Teheran da han ble drept onsdag.
Han skal begraves på en gravlund nord for Doha etter en bisettelsesseremoni i Qatars største moske, Imam Muhammad bin Abdul Wahhab-moskeen. Båren ble fløyet til Qatar torsdag etter en seremoni i Teheran.
Ifølge Hamas skal arabiske og islamske ledere, samt representanter for andre palestinske grupperinger delta under begravelsen.
Haniyeh var i Iran for å være med på innsettelsen av Irans nye president Masoud Pezeshkian. Flere israelske politikere har sagt at Israel står bak drapet, men Israel har ikke kommentert offisielt.